Els indults de l’exministre de l’Interior José Barrionuevo, l’ex-secretari d’estat Rafael Vera i l’exgeneral Armada, relacionats, els primers, amb els GAL, i el darrer, amb el cop d’estat del 23-F, han estat els més sonats. Els del ministre i el secretari d’estat del govern socialista de Felipe González ho van ser per la rapidesa i pel delicte de què es tractava. Els dos condemnats a 10 anys de presó pel segrest del ciutadà francès Segundo Marey, que els GAL van confondre amb un membre d’ETA, van entrar a la presó el 10 de setembre del 1998. Al cap de tres mesos, en sortien indultats pel govern popular de José María Aznar. Encara que la fiscalia s’havia oposat a la mesura de gràcia, el Suprem va avalar l’indult adduint que havia disminuït l’alarma social causant del delicte i que els GAL ja no actuaven. El govern d’Aznar es va limitar a justificar la mesura al·ludint al respecte “a les posicions judicials” i els condemnats van veure reduïdes dues terceres parts de les penes de 10 anys de presó. El 2001 hi tornaven a ingressar per complir la pena pendent, però al cap de poques hores ja en podien sortir en règim de llibertat vigilada.

De fet, juntament amb Barrionuevo i Vera, es van indultar els màxims responsables polítics i policials condemnats pel terrorisme dels GAL, i també sortien de la presó aquell Nadal del 1998 Julián Sancristóbal, ex-director general de Seguretat; Francisco Álvarez, excap de la lluita antiterrorista; Miguel Planchuelo, excap de la policia a Bilbao, i Ricardo García Damborenea, exsecretari dels socialistes biscaïns.

El ministre portaveu del govern d’Aznar, Josep Piqué, ja havia avançat que l’executiu tindria “altesa de mires” per la rellevància del cas. La fundació Civio, que fa un seguiment dels indults concedits a l’Estat des del 1996, constata que els deu indults a la cúpula política i policial d’Interior per aquell cas es troben entre els vint que s’han concedit més ràpid.

El general Alfonso Armada, condemnat en ferm el 1983 a 26 anys de presó per rebel·lió militar com un dels caps del cop d’estat del 23-F del 1981, va ser indultat el 1988 pel govern de Felipe González després d’haver-ho sol·licitat cinc cops. L’indult arribava amb un informe favorable de la sala militar del Suprem per motius d’“equitat”, un terme que l’alt tribunal interpretava com un “criteri de temperància i benignitat” perquè, al llarg de la condemna, hauria mostrat lleialtat a la corona i a l’ordenament constitucional.