Amb la destitució del major Josep Lluís Trapero per part de l’Estat en la intervenció de la Generalitat com a represàlia pel referèndum de l’1-O, els Mossos han viscut cinc anys d’interinitat i relleus. Una inestabilitat a la cúpula que ha fet que cap màxim responsable hagi estat més de dos anys al capdavant de la policia. El mateix retorn de Trapero en desgreuge per haver estat víctima del 155 va acabar impedint girar full i renovar una cúpula policial que ara torna a quedar pendent amb el nomenament interí d’Eduard Sallent, que torna al capdavant dels Mossos.

Trapero arribava a la màxima responsabilitat dels Mossos com el primer comandament que havia fet tota la seva carrera a la policia catalana. Era el 3 d’abril del 2013 quan el nomenava l’aleshores conseller d’Interior, Ramon Espadaler (avui al grup parlamentari del PSC-Units per Avançar), durant la presidència d’Artur Mas (CiU). Ja sota la presidència de Carles Puigdemont (Junts pel Sí), era nomenat major el 18 d’abril del 2017, a proposta de l’aleshores director del cos, Albert Batlle (avui tinent d’alcaldia de Seguretat de Barcelona pel PSC-Units per Avançar).

Amb la ràpida i efectiva resposta als atemptats del 17 d’agost a la Rambla de Barcelona i Cambrils, els Mossos arribaven al punt àlgid de popularitat, amb Trapero com a líder reconegut. Per la negativa del cos a confiscar per la força les urnes del referèndum de l’1-O protegides pels ciutadans, Trapero va ser destituït per l’Estat el 28 d’octubre, en el marc de la intervenció política de la Generalitat amb l’aplicació extrema de l’article 155 de la Constitució. L’Estat situa de comissari en cap qui era la seva mà dreta, Ferran López, que va carregar amb l’estigma d’estar a les ordres de Madrid. Amb la revàlida de la majoria independentista i la fi del 155, López acaba renunciant al càrrec el 14 de juny del 2018. Trapero va rebutjar la proposta del president Quim Torra (Junts) de tornar a ser el cap del cos mentre fos jutjat a l’Audiencia Nacional per sedició durant l’1-O i el nou conseller, Miquel Buch, va nomenar comissari en cap Miquel Esquius, número dos del cos. De manera interina, perquè Esquius era substituït per Eduard Sallent el mateix dia que ascendia a comissari, el 3 de juny del 2019. Buch i Sallent viurien el moment més crític del cos amb les protestes i aldarulls per la condemna als líders polítics de l’1-O. Tot i sobreviure a les crítiques que el mateix president Torra va fer als Mossos per les detencions i càrregues, Sallent no sobreviu a l’absolució judicial de Trapero, restituït al capdavant del cos el 12 de novembre del 2020, amb el conseller Miquel Sàmper i Pere Aragonès de vicepresident amb funcions de president per la inhabilitació de Torra. Trapero recupera López i Esquius al seu equip, però, amb el nou govern liderat per ERC i ara presidit per Aragonès, el conseller Joan Ignasi Elena intenta el relleu destituint Trapero el 20 de desembre del 2021 i nomenant Josep Maria Estela de comissari en cap, Eduard Sallent de número dos i la intendenta Rosa Bosch com la primera dona a la cúpula del cos. L’estabilització de la direcció policial, però, s’ha frustrat per l’enfrontament entre Estela i Sallent i la divergència del fins ahir cap dels Mossos amb Elena pel nomenament de sis nous comissaris, quatre dels quals el govern ha decidit que siguin dones.